El sistema de seguridad se almacena en la NVRAM (parte de su EFI) así que se aplica al sistema de archivo automáticamente. El resultado es simplemente genial por que esa configuración se aplica a todas las instalaciones de Mac OSX que hagas en ese Mac.

El comando para configurar es tan simple como csrutil y como es obvio se hace desde la Shell.

Para arrancar un Mac en single user o Terminal, presionas Inicias en Boot Recovery OS presionando Comando + R. El resto tan simple como abrir Terminal desde Utilidades.

Opciones disponibles de csrutil

csrutil status
para ver el estado actual que tienes

csrutil enable
Para activar Sistema Integral de Protección

csrutil disable
Para desactivar el sistema integral de seguridad